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一、Uniprot卵白数据库先容及使用详解

Uniprot数据库是资源最广、信息最富厚的卵白质数据库，，是盘问卵白功效的首选数据库。。
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。。Uniprot数据库由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大子数据库组成，，数据主要来自于各物种基因组测序完成后获得的全基因卵白质序列，，并包括了许多来自文献中的卵白及其功效信息。。
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。。尤其是swiss-prot 子数据库，，库中卵白质信息都是手工核对过的 ，，非冗余，， 有详细注释信息的卵白数据。。
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。。作为一名科研事情者，，Uniprot数据库的使用手艺应该是必备的手艺之一。。
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（1）UniProtKB（UniProt Knowledgebase）是卵白质序列、功效、分类、交织引用等信息存取中心;UniProtKB 主要由两部分组成∶

UniProtKB/Swiss-Prot∶高质量的、手工注释的、非冗余的数据集;主要来自文献中的研究效果和 E-value 校验过盘算剖析效果。。
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。。有质量包管的数据才被加入该数据库;

UniProtKB/TrEMBL∶该数据集包括高质量的盘算剖析效果，，—般都在自动注释中富集，，主要应对基因组项目获得的大宗数据流以及人工校验在时间上和人力上的缺乏。。
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。。注释所有可用的卵白序列。。
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。。在三大核酸数据库（EMBL-Bank/GenBank/DDBJ）中注释的编码序列都被自动翻译并加入该数据库中。。
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。。它也有来自 PDB 数据库的序列，，以及Ensembl、Refeq和 CCDS基因展望的序列;

（2）UniRef（UniProt Non-redundant Reference）将亲近相关的卵白质序列组合到一条纪录中，，以便提高搜索速率。。
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。。现在，，凭证序列相似水平形成 3个子库，，即 UniRef10 0、UniRef90和 UniRef50;

（3）UniParc（UniProt Archive）是一个综合性的非冗余数据库，，包括了所有主要的、果真的数据库的卵白质序列。。
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。。由于卵白质可能在差别的数据库中保存，，并且可能在统一个数据库中有多个版本，，为了去几余，，UniaraParc 对每条唯—的序列只存—次无论是否为统一物种的序列，，只要序列相同就被合并为一条，，每条序列提供稳固的、唯一的编号 UPI。。
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。。该数据库含有卵白质的序列信息，，而没有注释数据。。
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UniProt 数据库中，，UniProtKB/Swiss-Prot 是我们最常用的，，今天我们主要先容这个数据库的使用。。
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。。我们在输入栏中输入CCL4L2，，点击search，，就会泛起差别物种该卵白的详细信息。。
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。。找到我们想要的物种条目，，点击进入。。
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Uniprot数据库主要子数据库组成：

以上子数据库间的关系如下：uniprot会网络EMBL，，GenBank，，DDBJ等公共数据库中的卵白质序列及功效信息等原始数据，，处置惩罚后存入UniParc的非冗余卵白质序列数据库；；UniPrc作为数据客栈，，再划分给UniProtKB，，Proteomes，，UNIRef提供可靠的数据集，，其中在UniProtKB数据库中Swiss-Prot是由TrEMBL经由手动注释后获得的高质量非冗余数据库，，也是我们最常用的卵白质数据库之一。。
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Uniprot数据库官方链接：https://www.uniprot.org/

1. 单个卵白质信息盘问

下图是Uniprot官方网站首页，，在UniprotKB栏输入卵白ID或Accession number，，然后点击search，，就可以盘问卵白功效。。
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我们以HUMAN  CCL4L2为例，，搜索其在Uniprot数据库中的信息，，如下图，，页面默认显示Entry模式，，页面显示内容包括：卵白名称、物种泉源、GO功效注释、亚细胞定位、组织特异性表达情形、互作卵白、Domain、序列信息、同源卵白以及其他数据链接等信息。。
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点击Display下Publications按钮，，数据库会展示该蛋鹤揭晓已经收录的文章。。
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2. 批量卵白质信息盘问

若是需要盘问的卵白较多，，则可以通过点击首行使命栏Retrieve/ID mapping，，如下图，，盘问卵白列表可直接粘贴在下图1. Provide your identifiers文本框中，，也可以将卵白ID单列粘贴于TXT文本中提交到网站。。
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。。另外该页面2. Select options 还可提供ID转换功效，，支持多种数据库间的ID转换。。
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提交好卵白列表后，，点击Submit，，网站便会自动剖析，，效果展现形式如下：

展示信息包括：卵白对应的基因名、卵白形貌、序列长度等信息。。
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点击Column按钮，，可以选择需要展示的数据库信息，，如GO、pathway、亚细胞定位等注释信息，，如下图，，选择完毕后点击save生涯设置，，系统会自动跳转至信息展示页面。。
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最终效果展示如下图，，勾选感兴趣的卵白，，即可将本次注释效果下载到外地审查，，并且支持包括Excel名堂在内的多种文本名堂。。
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Names & Taxonomyⁱ

关于科研试剂销售事情者来说，，用的较量多的是这个板块，，该板块展示的是命名（其中包括卵白名，，基因名）和泉源种属信息，，如需要可以直接跳转到NCBI、Enzem数据库举行盘问。。
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Subcellular locationⁱ

之后是卵白的亚细胞定位和拓扑结构。。
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。？？梢钥吹紺CL4L2 是位于细胞膜外的渗透卵白

PTM / Processingⁱ

在PTM部分，，枚举着卵白合成历程中，，分子加工，，氨基酸修饰及翻译后修饰，，好比剪切、糖基化、脂；；⒍硫键位置等信息，，可以相识到此卵白的信号肽序列，，和前体卵白并加以列出。。
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Sequences (10+)ⁱ

序列这部分是科研事情者需要的主要信息，，此部分列出了卵白从信号肽最先的完整序列，，若是该卵白有差别的剪切体，，各剪切体的序列也会逐一列出。。
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。。利便研究者取用。。
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今天Uniprot数据库的使用就先容到这里，，希望对您的科研有所资助！